Jmol リソース - 3次元分子構造の表示

  

3次元の分子構造を表示し、回転や拡大・縮小などを行うことができます。分子軌道や分子振動のアニメーションなどを表示することもできます。

Jmolによる表示例

Jmolリソースの使い方

  1. 編集モードONの状態で、「活動またはリソースを追加する」をクリックします。

活動またはリソースを追加する

  1. 「Jmol」を選択します。

Jmol

  1. 「追加」をクリックします。

追加

Jmolリソースの設定

一般

  1. 名称を入力します。
  2. 説明を入力します。

名称と説明

Jmol

  1. ファイルを登録します。ファイルのアップロード操作についてはファイル - ファイルの添付を参照してください。

ファイルの指定

Jmol が対応しているファイル形式については、Jmolがサポートしているファイルフォーマット を参照してください。

  1. プルダウンメニューから表示ウィンドウの大きさを指定します。(ピクセル単位)
  2. プルダウンメニューからモデルの種類を選択します。(結合の太さの初期値は、0.15 Åとなっています。)
  3. プルダウンメニューから色指定の形式を選択します。
  4. ウィンドウの下部に表示するコントロールをチェックして指定します。

設定

  1. 必要に応じてスクリプトを記入します。スクリプトについては、スクリプトの利用の項を参照してください。

アピアランス

  1. アピアランスを指定します。

オプション

  • 自動 :  選択されたURIタイプを自動的に検出して表示します。
  • 埋め込み : ナビゲーションバーの下にURI説明およびブロックとともに表示されます。
  • ダウンロードを強制する :  ユーザはファイルのダウンロードを促されます。
  • オープン : ブラウザウィンドウ内でのみ表示されます。
  • ポップアップ :  メニューまたはアドレスバーなしの新しいブラウザウィンドウに表示されます。
  1. 「拡張要素を表示する」をクリックすると、ウィンドウの大きさを指定できます。

ポップアップウィンドウの大きさ

モジュール共通設定

  1. 学生が閲覧できるか否かを「表示」/「非表示」で設定します。

表示または非表示

利用制限

  1. アクセス開始日時と終了日時を設定できます。「Yes」のチェックボックスを選択しない限り、日時は設定されません。

完了

保存

  1. [保存してコースに戻る]または[保存して表示する]をクリックします。

コースに戻る

※ 評定コンディションなどについては、Conditional Activitiesを利用するための手順を参照してください。

Jmolスクリプトの利用

分子軌道や振動計算の結果を含むデータを読み込ませても、そのままでは構造だけしか表示されません。分子軌道を表示したり、分子振動のアニメーションを表示するためには、Jmolスクリプト欄にスクリプトを記入して指定する必要があります。

一行に複数のコマンドを記入する場合は、;(セミコロン)で区切ってください。

スクリプトの入力

良く使われるスクリプトの例を次に示します。

HOMOの分子軌道を半透明表示する

mo homo; mo fill nomesh; mo translucent

分子軌道の表示例

分子軌道の表示 (ナフタレンLUMOの断面表示)

rotate z 90; isosurface plane { 0 0 1 -1.5} mo lumo; color isosurface translucent

ナフタレンLUMOの断面表示

分子軌道の表示 (エチレンLUMOの断面表示)

rotate x 90; isosurface color absolute -0.1 0.1 plane xz mo 7; color isosurface translucent

エチレンLUMOの断面表示

静電ポテンシャルの表示

isosurface resolution 6 molecular map mep; color isosurface translucent

静電ポテンシャル

分子振動のアニメーション表示

center {0,0,0}; frame next
Vibration on

水分子のアニメーション表示

タンパク質のリボン表示

background whitesmoke; set frank off; select all; wireframe off; select protein;
spacefill off; backbone off; color structure; select protein; cartoon;
select protein and not (helix or sheet); trace 0.6; color white; select not (protein or water);
spacefill; color cpk; select (atomno>=467) and (atomno<=487); colour atoms [255,0,0];
spacefill; select (atomno>=488) and (atomno<=494); colour atoms [0,255,0];
spacefill; select (atomno>=495) and (atomno<=503);
colour atoms [0,255,255]; spacefill; select (atomno>=456) and (atomno<=466);
colour atoms [0,0,180]; spacefill; rotate z 75;

タンパク質のリボン表示

Jmolスクリプトに関する参考サイト

良く使われるスクリプトの例を次に示します。Jmol スクリプトについて、詳しくは下記を参照してください。

Webコンテンツの利用

Jmol リソースを利用せず、WebサーバにJmolを利用したページを掲載してリンクすることもできます。

Jmol Applet を利用したWebページの作り方

Jmol Applet を利用したWebページの例  キラルな分子の鏡面対称体の表示 - Chlorobromoiodomethane

Moodle 2でのウェブサイトへのリンクの仕方 => URI - ウェブサイトへのリンク

  

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